O curso de pós-graduação do PGECIV possui diversas disciplinas com vasta abordagem de assuntos, incluindo aquelas que contêm fundamentos básicos de cada uma das áreas de concentração (Estruturas e Geotecnia), bem como disciplinas aplicadas às várias linhas de pesquisa disponibilizadas pelos professores orientadores.

Em 2019, a Deliberação 046/2019 entrou em vigor com mudanças e atualizações acerca da estrutura curricular e das linhas e projetos de pesquisa, de forma a trazer uma maior aderência às atividades realizadas pelos docentes. Esta deliberação surge em um contexto de autoavaliação do programa estando alinhada às avaliações recebidas pelo programa nas últimas avaliações quadrienais da CAPES. De fato, esta etapa foi um momento de reflexão sobre os índices a serem obtidos e ações a serem tomadas para a melhoria contínua do programa. Em adição, novos projetos de pesquisa foram introduzidos com base na entrada de novos professores e na atualização do perfil do corpo docente.

Cada área de concentração, Estruturas ou Geotecnia, possui uma disciplina obrigatória. Uma atualização destas disciplinas obrigatórias foi introduzida com foco na atualização de suas ementas. Assim, os discentes ingressantes na área de estruturas passam a cursar a disciplina Introdução a Mecânica do Contínuo, em vez da disciplina de Teoria da Elasticidade. Para a área de Geotecnia, a disciplina denominada como Fundamentos Geotécnicos/Tensões em Solos e Resistência ao Cisalhamento continua sendo a disciplina obrigatória. Além das disciplinas obrigatórias, há um elenco de diversas disciplinas eletivas dentre as quais o discente pode escolher, cobrindo as diversas linhas de pesquisa existentes no PGECIV.

Para a obtenção do título de Mestre em Engenharia Civil, o aluno deverá cumprir um mínimo de 24 (vinte e quatro) créditos, ser aprovado no teste de avaliação de língua estrangeira e no exame de proposta de dissertação do Mestrado, ter cumprido o Estágio de Docência e obter aprovação na defesa da Dissertação de Mestrado. De acordo com a nova Deliberação, ainda é necessário submeter um trabalho em Congresso ou Periódico para que o discente possa ser examinado pela banca.